冬虫夏草(供|求|铺|资|价|科|手机订阅)价格十分昂贵，很多人舍不得用。专家提醒：“冬虫夏草越新鲜质量越高，最好不要久放。在真空条件下可以存放5年；如果是一般的条件，保质期也就是2-3年。时间过长有效成分会流失。”
北京中医药大学基础医学院胡素敏副教授表示，在适当温度下，空气中的霉菌孢子散落在冬虫夏草表面，会吸收药材养分，萌发菌丝，并分泌酵素，进一步破坏药材。冬虫夏草如果附有虫卵的话，当温度达到一定程度就可以孵化。有些蛀虫可分泌出酶，分解药材的成分，引起药材变质，显然是不适宜服用了。
“保存冬虫夏草，要放在通风阴凉干燥的地方 ，以防潮、防虫、防蛀。” 胡素敏说，“如果希望保存的时间长一些，可以把冬虫夏草用玻璃容器装好，封好瓶口，再放入冰箱冷藏。也有观点认为，把冬虫夏草和花椒(供|求|铺|资|价|科|手机订阅)或丹皮(供|求|铺|资|价|科|手机订阅)混在一起保存，可以延长保质期。药材发潮后，要及时暴晒一下。”
专家呼吁，人工培育冬虫夏草质量和野生冬虫夏草还有一定差距。目前优质的冬虫夏草主要还是靠野生、挖掘获取。要注意保护冬虫夏草产地的生态环境。